בשנת תרפ"ב נשלחת אל הראי"ה קוק אגרת (ראה אגרות לראי"ה אגרת קלה') ע"י הרבנים רבי משה שמואל גלזנר ובנו רבי עקיבא גלזנר (שכהן תחת אביו הנ"ל כאב"ד בעיירה קלויזנבורג) באגרתם מספרים הם לראי"ה קוק על כך שמזה כשנתיים, כשישים בעלי בתים נפרדו מקהילתם בטענה כי רוב אנשי הקהילה נתפסו לציונות. בנוסף, הוציאו הפורשים לאור קונטרס בשם "משפט צדק" ובו פרסו את טענותיהם וכן צירפו מכתבי רבנים המצדדים במעשיהם. ברצונם של הרבנים הנ"ל להשיב על הטענות שהובאו בקונטרס הפורשים "משפט צדק" הוציאו לאור את הקונטרס "ישוב משפט" ואף הם צירפו מכתבי רבנים לקונטרסם כשאחד מהם הוא מכתבו של הראי"ה קוק. (אגב, תשובתו הארוכה של הראי"ה קוק לפנייתם אשר נדפסה בקונטרס "ישוב משפט" בשנת תרפ"ב, צונזרה מאגרת התשובה אליהם שנדפסה באגרות הראי"ה (חלק ד' אגרת א'קלט') ורק במאמרי הראי"ה (חלק א') הביאה העורך אלישע אבינר מתוך קונטרס "ישוב משפט").
במסגרת תשובתו, מגלה הראי"ה קוק פנים שלא כהלכה ביסודות התורה הבסיסיים ביותר ואף סותר דברים שכתב הוא עצמו שנים קודם לכן.
בשנים הראשונות להקמת התנועה הציונית כותב הראי"ה קוק במסגרת השגות על קונטרס "אור לישרים" שיצא נגד הציונות בשנותיה הראשונות (ראה גנזי הראי"ה ג'-גאולה ומלכות, עמ' 77, י"ל ע"י הר' בן ציון שפירא וכן בספרו של משה צוריאל "קוממיות לארצנו" עמ' 73 אות ט', תשרי התשס"ט) וז"ל: "על ההחלטה שכפירה אינה מעכבת מלהיות יהודי עלינו לעורר כי לא יתכן, כיון שאנו חיים ע"פ תוה"ק, וע"פ דין תורה נטלה מאפיקורסים כל חבת אחוה, לא יתכן להתקיים בישוב מדיני בהיתר כפירה ח"ו, ע"כ עלינו לחזק הבנים ברוח אמונה ודעת. ובאמת הגזירה על המינים היא מפני הרעה המוסרית הגדולה שיוצאת מהם, ע"כ אנו חייבים להגן על עמינו מארס זה בכל עז". עוד כתב אז: "על כן צריכה התורה כולה, שמכללת את הכלל כולו בכל שיווי ארחות החיים, להיות לתריס מפני הפירוד. על כן שינויי דעות בכמה ענינים רוחניים וחומריים אינו מעכב, ואדרבה מועיל, מכל הטפוסים יצא הדבר הטוב הכללי. אלא שהכל צריכים להתאחד בנוגע לכללות קיומה של תורה. ומי שחושב שריבוי הצבעונים צריך להכליל גם כן איתו הצביון של הרשעים המוחלטים, הכופרים ופורקי עול בגלוי, הוא טועה. ועל זה אמרה ברוריה למינא רני עקרה דלא ילדה בנים לגיהנם כותייכו, כי אף על פי שריבוי הכמות יפה לאומה, הוא רק כשיתאחדו באותו השורש שבו תלוי קיום האומה, ובישראל צריכים שיתיחדו בתורה וקיומה."
אך באותה הטעות של הכללת הרשעים המוחלטים הכופרים ופורקי העול בכלל האומה עליה מצביע הראי"ה קוק בשנותיה הראשונות של הציונות, הוא מטעה את עצמו בהמשך הזמן ואעפ"י שהסתכלותו ה"פנימית" אינה מזקיקתו לתרץ את המציאות ה"חיצונית", (שהרי לאור הסתכלותו זו העולם הנגלה לעין מתבטל ממציאותו לגמרי באופן שהכופר אינו אלא "מאמין בפנימיותו", ההתדרדרות המוסרית והערכית אינה כי אם "התרוממות וגדלות פנימית", והחורבן הרוחני של כלל ישראל אינו כי אם "תחיה לאומית פנימית בהתהוותה") זקוק הראי"ה להראות קשר בין הכופרים בעיקר לכלל ישראל גם לעיניהם של בעלי המבט ה"חיצוני". לצורך כך, הוא פשוט בודה מלבו עיקר אמונה חדש-"אחדות האומה" ותוך כדי שהוא סותר את דבריו ואת דברי כל חכמי הדורות לפיהם אמונה בעיקרי הדת היא הבסיס לכל שייכות לכלל ישראל והופך את הקערה על פיה (ועוד תולה דברי כפירתו ברבנו המהר"ל מפראג זיע"א) הוא כותב: "וכל יסוד הרעיון של הוצאת פושעי ישראל מכלל האומה, הלא הוא רעיון פסול ודרך המינות ממש, כסתם משנה דמגילה כ"ה א', האומר יברכוך טובים הרי זה דרך המינות, ופרש"י שם שאינו כולל רשעים בשבחו של מקום, וחכמים למדו בכריתות ו' ב', מחלבנה שריחה רע, ומנאה הכתוב בין סממני הקטורת. שמצריכן הכתוב בהרצאתן להיות באגודה אחת, והתוס' שם ד"ה האומר פירשו שמוציא רשעים מן הכלל, ואעפ"י שפירשו עוד פירוש אחר, וכן יש מהמפרשים האחרים שפירשו ג"כ משום שתי רשויות, מ"מ ודאי אלו ואלו דברי אלקים חיים, ולא פליגי על עצם הדעה. שאסור להוציא את הפושעים מכלל ישראל. והטו"א הקשה הרבה על הפירושים האחרים, והוכיח ברור מלשון המשנה וסדורה, שהעיקר הוא כפירש"י ותוס', דהו"ל דרך המינות להוציא את הפושעים מן הכלל. ואם כי ראו גדולי הדורות בדורות שלפנינו כשקמו רשעים לקעקע ביצתם של שונאי ישראל מן העולם ורצו להתדמות להאומות בכל מעשיהן ולהתקרב לשמד רח"ל ממש, והורו הגאונים גדולי ארץ ז"ל להבדל מהם, הלא היתה עיקר כונתם, מפני שהפושעים ההם התחילו לקצץ בנטיעות של האחדות אשר לכלל ישראל, ורצו להחריב ממש את האומה ביסודה, במה שעשו להם צביון מיוחד בעניני הדת, ובמחיקת שם ציון וירושלים מתוך התפילה, והתחזקות של דרכי הגוים, בבנין בתי הכנסיות, ושליחות יד בהוראות איסור והיתר, וכיו"ב. וא"כ הי' הרעיון של הפרוד של הגאונים ההם זצ"ל ממש כדי לחזק על ידו את אחדות האומה כולה, שממילא עי"ז גם הפושעים נכנסים אל הכלל. אבל לומר שיש דעה קבועה שפושעים שאומרים שישראל הם גוי אחד, ושצריכים הם לשמור את הצביון של האומה בתור אומה מיוחדת ואחדותית, אע"פ שהם טועים עדיין בהרבה דברים מפני חשכת הגלות להחליט שהם יוצאים מכלל ישראל, ושאין האומה כוללת כ"א את הטובים והצדיקים לבדם, הרי היא דרך המינות, כפשטא דמתניתין לפירש"י ותוס', ודעה פסולה ואסורה לבא בישראל היא אליבא דכו"ע. ובודאי לא יתכן לומר שמה שהוא אליבא דרש"י ותוס', והכרעת גדול גאוני בתראי הטו"א ז"ל, דרך המינות ח"ו, יהי' לדעות אחרות חלילה דרך הקדש ודרך צדיקים, רחמנא ליצלן מהאי דעתא. וביחוד תמה אני על הרבנים הללו, איך העלימו את עינהם מכל שיטתו הקדושה של גדול העולם רבינו מוהר"ל מפראג ז"ל, שכל ספריו הקדושים וביחוד ספרו נצח ישראל, סובב הוא על היסוד העיקרי הזה, שהוא ממש יסוד היחוד והאמונה, שאחדותם של ישראל בחירתם וקדושתם הכללית, הוא דבר שהוא למעלה מכל מעשה ומכל בחירה אנושית, ושום חטא ועון ושום דעה ושום עבודה זרה, ושום כפירה בעולם, אינה יכולה לפגום בקדושת האחדות הכללית של עם ה' שבחירתם הקדושה היא מצד העילה השם יתברך, ולא מצדם, שהם עלולים להשתנות ח"ו" והמינות ביסודה היא היא שכפרה בעיקר הקדוש הזה, והוציאה בכח הטומאה של הכפירה הזאת לתרבות רעה את הנחשלים שבנו, וכדאחזי אותו רשע לריב"ח, עמא דאהדרינהו מריה לאפי' מיניה, חגיגה ה' ב'. ובשביל כך נקראו המינים הרשעים הללו, הם ותלמידיהם ותלמידי תלמידיהם, וההולכים בדרכיהם הרעים וספריהם וגליונותיהם הפסולים, בשם: המטילים איבה ותחרות בין ישראל לאביהם שבשמים, (שבת קט"ז א'). וברור לי הדבר שמיד שישימו על לבם חכמי דורנו הותיקים, המתאמצים לגדור את כרם ה' בית ישראל, לדברים היסודיים והקדושים הללו, מיד יגדרו את הפרצה של הדעה הרעה והמוטעת הזאת, שבעונותינו הרבים התחיל ארס המינות שלה לצודד נפשות ולפעפע בלבבות של אנשים תמימים הקרואים והולכים לתומם, ויכריזו ברבים את הקריאה הגדולה והנצחית, הכתובה בתפילין דמרי עלמא: מי כעמך ישראל גוי אחד בארץ. וכ"ד הזוהר ויקרא צ"ג ב'. המוסיף ע"ז, "ודאי בארץ הם גוי אחד עמה אקרון אחד ולא אינון בלחודייהו".
גם את הזיקה הברורה של ראשי ומנווטי דרכה של התנועה הציונית לבחינת ה"ערב רב" שעפ"י מקורות היהדות עתידים לשלוט על עם ישראל מתוכו בסוף הגלות (במקביל לשליטה הכללית של מלכות אדום [בתחילה לבדה ולקראת סוף מלכותה בצירוף ישמעאל] שתסתיים רק עם הכרתתה ע"י משיח צדקנו כמו שכתב הרמב"ן בספר הגאולה) מנסה הראי"ה קוק לטשטש ולבטל, שוב, תוך גילוי פנים בתורה שלא כהלכה והתעלמות מובהקת מהמציאות לנגד עיניו וז"ל:
"ויש אחרים התולים את עצמם במאמרי הזוהר הסתומים, המדברים לפעמים על דבר הענין של הערב רב, והתפרדות שלהם מכלל ישראל, לפני הגאולה השלמה, והם לוקחים את כל דברי הסודות הקדושים הללו, שהם עומדים ברומו של עולם, דברים כפשוטם, ומרבים עי"ז מחלוקת בישראל, והם לא ידעו ולא יבינו. כי היסוד של הסימן של הערב רב, הוא בנוי בדבר המדות הטהורות היסודיות של ישראל בכלל, וכמו שאמר דוד, על הנתינים והגבעונים, לא מזרע ישראל המה, שלשה סימנים יש באומה זו רחמנים, בישנים, גומלי חסדים, כל מי שיש בו שלשה סימנים הללו ראוי להדבק באומה זו, ומכלל הן אתה שומע לאו, (ביבמות ע"ט.) והמדות הקדושות הללו אינן בעיקרן תלויות בבחירה, כי הן בכלל המתנות היקרות והטובות שנתן הקב"ה לישראל בחסדו, וכלשון הירושלמי בקדושין פ"ד ה"א, על סוגיא דהרחקת הנתינים דהתם, שלש מתנות טובות נתן הקב"ה לישראל, רחמנין, ביישנין וגומלי חסדים, וכהא דביצה ל"ב ב', בעובדא דשבתאי בר מרינוס, דאמר, הני מערב רב קאתי, וכל המרחם על הבריות, בידוע שהוא מזרעו של אברהם אבינו, וכל שאינו מרחם על הבריות, בידוע שאינו מזרעו של אברהם אבינו. ועיקר הסימן היסודי של הזוהר הוא כמ"ש בבראשית כ"ה ב', בעניני הסוגיא דערב רב שם, שהם אינם חוששים לטובת ישראל, והם נוטים לאומות העולם יותר מלישראל, אם יחזון לישראל בדוחקא מתרפין מינייהו, ואית לן רשו לשיזבא לון ולא בעאון, ומתרפין מאורייתא ומאלין דמשתדלין בה, למיעבד טב עם עובדי כו"ם, ועוד סימן לערב רב, שהם מזלזלים בתלמידי חכמים, שע"ש כך נקראו ענקים לגריעותא, דמזלזלין לאלין דאתמר בהון ענקים לגרגרותיך. ובודאי כך הוא המדה של כל אלה ששונאים את האומה בכלל, וכופרים בסגולותיה, שהם מבזים את התורה ותלמידי חכמים ביסוד דרכם הרעה, מה שאין כן אלה המודים בסגולת האומה, אעפ"י שיהו עדיין רחוקים מקדושה בדרך אמת, מ"מ עלולים להכיר ולידע שהתורה היא נשמתן של ישראל, ומתפארים הם עכ"פ לפי מושגם "בספרותנו העתיקה" ומכבדים אותה, וממילא מכבדים הם ג"כ במדה ידועה את לומדיה, וכשמתנהגים עמהם בנחת כראוי לדברי חכמים שבנחת נשמעים, הם ג"כ נכנעים מפני הדר קדושתה של התורה, מפני שסוף סוף אחדותן של ישראל מאירה בהם איזו הארה מקודשת, וחפצים הם תמיד לעבוד דוקא בעד הכלל, ולא להתרפות מלעזור לישראל בשעת דחקן, איך אפשר לומר על עם ד' אלה, שהם חלילה בכלל ערב רב, ד' ישמרנו".
ואם לא באה התנועה הציונית כי אם "לאחד את האומה" הרי למרות שנושאי דגלה ורוב ככל מנהיגיה הם כופרים בכל עיקרי האמונה ומטרתם לאחד את האומה בכפירתם ובמרידתם ובהידמותם לשפלים שבגויי הארץ, הרי סכ"ס אחוזים הם ב"אחדות האומה" שהיא למעלה מכל מעשה ומכל בחירה אנושית ובודאי למעלה מכל עיקרי האמונה האנושיים שניסח הרמב"ם שעל פיהם הפקיעו חז"ל את שייכותם לכלל ישראל.
האמונה בקב"ה וכל יתר עיקרי האמונה המסתעפים ממנה הופכות ל"משניות" ול"טפלות" לעומת עיקרון "אחדות האומה" עד כדי כך שהחפצים לאחד את כלל ישראל סביב תכנית מדינת השמד של האתאיסט תיאודור הרצל עוסקים למעשה בדבר הגדול בהרבה מכל עיקרי האמונה, וכפירתם בעיקרי האמונה הופכת לחיסרון זניח ביחס למעלתם הנשגבה כ"מאחדי האומה". גם כפירתם בתוה"ק והתיחסותם אליה כיצירה ספרותית אנושית גרידא אינה כי אם כבוד התורה ולכן ודאי שגם מכבדים את לומדי התורה ואם רק יתיחסו אליהם כמו שמתייחס אליהם הראי"ה קוק אין ספר שיכנעו תחת התוה"ק וימסרו בידי הרבנים את הנהגת כלל ישראל.
כיון שכך, אם יש סיבות כלשהן לקובלנא או לטרוניא הרי שאלו באות דווקא כלפי גדולי הדור העומדים מנגד. כאמור לעיל, (הערה טו') למרות שהראי"ה מודע לעובדה שהוא בדעה יחידה כנגד כל גדולי וזקני דורו (וביניהם גם אלה שהראי"ה קוק עצמו מגדירם כגדולי דורו הגדולים ממנו בחכמה ובמנין) אין לו כלל ספק שהצדק עמו והוא ורק הוא ה"צדיק העליון" היודע כיצד להתבונן נכון במציאות ואֵילוּ תפקידים לחלק לשאר הצדיקים והגדולים שכמובן אינם משתווים אליו בצדקתם ובגדלותם.