בגליון כ' של הקובץ "עלי ספר" (מחקרים בביביליוגרפיה ובתולדות הספר העברי המודפס והדיגיטלי, הוצ' אוניברסיטת בר אילן, התשס"ט) הופיע מאמרו של מאיר מוניץ אודות עריכת הספר אורות לראי"ה קוק. המאמר עוסק בהבדלים בין הספר אורות כפי שנדפס בעריכת בנו של הראי"ה קוק, הרצי"ה, לבין כתבי היד המקוריים של אביו היוצאים לאור בשנים האחרונות תחת השם "שמונה קבצים" ו"קבצים מכתב יד קדשו" שמתוכם ערך הרצי"ה את הספר.
אחרי שמראה מוניץ מקומות רבים בהם השמיט, הוסיף ושינה הרצי"ה מהנוסח המקורי בכתבי היד מצביע מוניץ על שתי מגמות עיקריות העומדות מאחרי עריכת הרצי"ה את הכתבים: המגמה הראשונה (כפי שמנסחה מוניץ): "מגמה אידיאולוגית המבקשת לקדם סדר יום מסויים בעיקר במה שנוגע לציונות ולתהליך הגאולה, ולעם ישראל ולשמירת צביונו" (במגמה זו לא נעסוק במאמר זה).
המגמה השניה (כפי שמנסחה מוניץ): "הרצון של הרצי"ה להגן על אביו מפני מחלוקות וביקורת שעלולות להתעורר בעקבות פרסום הדברים. כיוון זה הוא רחב וכללי וגורם לרצ"י להקהות את חודם של דברי ביקורת שכותב הראי"ה בכל הכיוונים. החשש מביקורת קיים כלפי מגזרים שונים בעלי דעות סותרות. מגמת הריכוך הופעלה על דברי ביקורת כלפי החרדים אבל גם על דברים כנגד החילונים והכופרים. אפילו ביקורת נגד אומות העולם או התרבות האירופאית זכתה לריכוך ועידון. גם מסרים רדיקליים היכולים לעורר התנגדות זכו לשינוי ומיתון".
על המגמה השניה עומדים גם חוקרים נוספים העוסקים בחקר משנתו של הראי"ה אשר השוו בין כתבי היד המקוריים שלו לבין הגרסאות הערוכות ע"י בנו הרצי"ה ותלמידו "הנזיר" כפי שמביא מוניץ בתחילת מאמרו.
א' רוזנק (במאמר שכתב תחת הכותרת: "מי מפחד מקבצים גנוזים של הרב קוק" ופורסם בגליון סט' של "תרביץ" בשנת התשס"ט עמ' 257-291) מגיע למסקנה שהרב הנזיר והרצי"ה ערכו אתת כתבי הראי"ה תוך התערבות מסיבית שכללה הכנסת שינויים משמעותיים וצנזורה (עד דרגת סילוף) וכותב גם הוא כי לדעתו מגמת הצנזור היתה בשלב הראשון להגן על הראי"ה מפני מתקיפיו ובשלב השני בקשו תלמידי הראי"ה להגן על הקוראים מפני רעיונותיו המהפכניים של הרב קוק.
י' בן נון כותב כי אם היתה מתפרסמת בזמנו הכתיבה המקורית של הר' קוק היא היתה עלולה להביא לתגובה חריפה ביותר נגד הרב קוק עד כדי דחיקה לשוליים וחרם וכי עריכתם של הרצי"ה והנזיר הצילה את הר' קוק ואת כתביו מגורל זה ואפשרה לכתבים שהתפרסמו על ידם לתפוס מעמד משפיע וחשוב בצבור הציוני דתי.
אחרי דברים אלה היוצאים מפיהם של חוקרי הראי"ה אשר אינם חשודים על הימנותם בין מתנגדי הראי"ה קוק לא נותר כי אם לראות מספר דוגמאות (מתוך הדוגמאות הרבות שמביא מוניץ במאמרו) של הבדלים בין הגרסאות הערוכות לכתבי היד המקוריים ולהיוכח כי דבריו המקוריים של הר' קוק היו מסוכנים וחמורים בהרבה מאשר הגרסאות המצונזרות שיצאת שיצאו לאור וכי גדולי הדור שעמדו מנגד לכל רעיונותיו ויצאו כנגדו בצורה נחרצת ידעו לרדת לסוף דעתו ולעמוד על חומרת הסכנה הנשקפת ממנו ליהדות כולה על אף שלנגד עיניהם לא היו כי אם הגרסאות ה"מתונות" יותר של דבריו.
דוגמא א: הרשעת צדיקים- ביקורת קשה ביותר כלפי התנגדות החרדים לציונות וההיבדלות ממנה .
לשון הגירסא הערוכה (אורות התחיה אות כ'): מַחֲלֹקֶת הַדֵּעוֹת עַל-דְּבַר הַדְרָכַת הַכְּלָל, אִם בַּזְּמַן הַזֶּה, שֶׁרַבּוּ פָּרִיצִים נוֹשְׂאֵי דֶּגֶל הַהֶפְקֵרוּת בְּיָד רָמָה, רָאוּי לְהַפְרִיד אֶת הָאֻמָּה, שֶׁהַכְּשֵׁרִים נושְאֵי דֶּגֶל שֵׁם ד' לֹא יִהְיֶה לָהֶם שׁוּם יַחַש עִם פּוֹרְקֵי-הָעל הַפּוֹשְׁעִים, אוֹ שֶׁמָּא כּחַ הַשָּׁלוֹם הַכְּלָלִי מַכְרִיעַ אֶת הַכּל, כָּל עִקָּרָהּ שֶׁל פְּלֻגְתָּא זוֹ בָּאָה מִפְּנֵי הַשִּׁפְלוּת הַכְּלָלִית, שֶׁעֲדַיִן לֹא נִגְמְרָה הַטָּהֳרָה לְגַמְרֵי בִּיסוֹד הָאפִי שֶׁל הָאֻמָּה, מִצַּד חִיצוֹנִיּוּת נַפְשָׁהּ, וְהִיא מִטַּהֶרֶת וְהוֹלֶכֶת. אֵלֶּה הַכִּתּוֹת יַחְדָּו הִנָּן בָּזֶה בְּמַדְרֵגַת שְׁתַּיִם נָשִׂים זנוֹת שֶׁבָּאוּ אֶל שְׁלֹמה: הַדִּבּוּר "הֲבִיאוּ חֶרֶב" נִסָּיוֹן הוּא מֵחָכְמַת אֱלֹהִים שֶׁבְּמַלְכוּת יִשְׂרָאֵל: אוֹתָהּ הָרְאוּיָה לְהִדָּחוֹת, הִיא הַטּוֹעֶנֶת: "גְּזרוּ", וּבְהִתְמַרְמְרָה מַבְלֶטֶת הִיא אֶת אֲמִתַּת הַטִּינָא שֶׁבַּלֵּב שֶׁהִיא חָשָׁה בְּעַצְמָהּ, שֶׁכָּל עִנְיָנָהּ הוּא רַק "גַּם לִי גַּם לָךְ לֹא יִהְיֶה, – גְּזרוּ!", וְהָאֵם הָרַחֲמַנִיָּה, אֵם הָאֱמֶת, אוֹמֶרֶת: "תְּנוּ לָהּ אֶת הַיָּלוּד הַחַי, וְהָמֵת לֹא תְמִיתֻהוּ", וְרוּחַ-הַקּדֶשׁ צוֹוַחַת: "תְּנוּ לָהּ אֶת הַיָּלוּד הַחַי, הִיא אִמּוֹ!". אֵין קֵץ לָרָעוֹת הַגַּשְׁמִיּוֹת וְהָרוּחָנִיּות שֶׁל הִתְפָּרְדוּת הָאֻמָּה לַחֲלָקִים, אַף-עַל-פִּי שֶׁפֵּרוּד גָּמוּר, כְּהָעוֹלֶה עַל לֵב הַמְנַתְּחִים בְּאַכְזְרִיּוּת אִי-אֶפְשָׁר הוּא וְהָיה לֹא יִהְיֶה. זאת הִיא מַמָּשׁ מַחֲשָׁבָה שֶׁל עֲבוֹדָה זָרָה כְּלָלִית, שֶׁהִנְנוּ בְּטוּחִים עָלֶיהָ שֶׁלּא תִּתְקַיֵּם, "אֲשֶׁר אַתֶּם אמְרִים: נִהְיֶה כַגּוֹיִם כְּמִשְׁפְּחוֹת הָאֲרָצוֹת לְשָׁרֵת עֵץ וָאָבֶן, חַי אָנִי נְאֻם ד' אֱלֹהִים אִם לֹא בְּיָד חֲזָקָה וּבִזְרוֹעַ נְטוּיָה וּבְחֵמָה שְׁפוּכָה אֶמְלוֹךְ עֲלֵיכֶם!", וּכְכָל מַחֲשָׁבָה שֶׁל עֲבוֹדָה זָרָה הִיא מַח ֲרִיבָה וּמַדְאִיבָה – אֲפִלּוּ כְּשֶׁלּא בָּאָה וְלֹא תָּבוֹא לִידֵי מַעֲשֶׂה. יְסוֹד צִדְקַת הַצַּדִּיקִים בְּכָל דּוֹר וָדוֹר נִתְמָךְ הוּא גַּם עַל-יְדֵי הָרְשָׁעִים, שֶׁעִם כָּל רִשְׁעָתָם כָּל זְמַן שֶׁהֵם דְּבוּקִים בְּחֵפֶץ לִבָּם לִכְלָלוּת הָאֻמָּה, עֲלֵיהֶם נֶאֱמַר, "וְעַמֵּךְ כֻּלָּם צַדִּיקִים", וְחִיצוֹנִיּוּת הָרִשְׁעוּת שֶׁלָּהֶם מוֹעִילָה הִיא לְאַמֵּץ כּחָם שֶׁל צַדִּיקִים "כְּדוּרְדַּיָּא לְחַמְרָא", וְהַפֵּרוּד הַמְדֻמֶּה חוֹתֵר הוּא תַּחַת יְסוֹד הַקְּדֻשָּׁה כֻּלָּהּ, כְּמַעֲשֵׂה עֲמָלֵק שֶׁזִּנֵּב אֶת הַנֶּחֱשָׁלִים, פְּלִיטֵי הֶעָנָן, "שָׁלַח יָדָיו בִּשְׁלֹמָיו, חִלֵּל בְּרִיתוֹ".
גרסת כתב היד המקורית (שמונה קבצים קובץ ב' אות רפג'):
המחלוקת של הדיעות על דבר הדרכת הכלל, אם בזמן הזה, שרבו פריצים נושאים דגל ההפקרות ביד רמה, ראוי להפריד את האומה, שהכשרים נושאי דגל שם ד' לא יהיה להם שום יחש עם פורקי העול הפושעים, או שמא כח השלום הכללי מכריע את הכל, כל עיקרה של פלוגתא זו באה מפני השפלות הכללית, שעדיין לא נגמרה הטהרה לגמרי ביסוד האופי של האומה מצד חיצוניות נפשה, והיא מיטהרת והולכת. אלה הכתות יחדו הנם מדרגת שתים נשים זונות שבאו אל שלמה. הדיבור הביאו חרב, נסיון הוא מחכמת אלקים שבמלכות ישראל. והזונה הראויה להידחות, המעלילה עלילות בשקר, היא הטוענת גזורו, ובהתמרמרה מבלטת היא את אמיתת הטינא שבלב שהיא חשה בעצמה, שכל ענינה הוא רק גם לי גם לך לא יהיה, גזורו. והאם הרחמניה, אם האמת, אומרת, תנו לה את הילד והמת אל תמיתוהו. ורוח הקדש צווחת, תנו לה את הילד החי, היא אמו. אין קץ לרעות הגשמיות והרוחניות של התפרדות האומה לחלקים, אף על פי שפירוד גמור, כהעולה על לב המנתחים האכזרים, לא אפשר, והיה לא תהיה. זאת היא ממש מחשבה של עבודה זרה כללית, שהננו בטוחים עליה שלא תתקיים, אשר אתם אומרים נהיה כגויים כמשפחות הארצות לשרת עץ ואבן, אם לא ביד חזקה אמלוך עליכם. וככל מחשבה של עבודה זרה, היא מחריבה ומדאיבה אפילו שלא באה ולא תבוא לידי מעשה. יסוד צדקת הצדיקים בכל דור ודור נתמכת היא ברשעת הרשעים, שבאמת אינם רשעים כלל כל זמן שהם דבוקים בחפץ לבם לכללות האומה, ועמך כולם צדיקים, וחיצוניות הרשעות שלהם מועילה לאמץ כוחם של צדיקים, כדורדיא לחמרא. ועל ידי הפירוד המדומה, חותרים תחת יסוד הקדושה כולה, עושים מעשה עמלק שזינב את הנחשלים, פליטי הענן, שלח ידיו בשלומיו חלל בריתו. ע"כ.
בעוד שהראי"ה קוק מאשים בפירוש את גדולי דורו שהורו על היפרדות מהכופרים ומהתארגנות משותפת עמהם בכל מסגרת שהיא בהעללת עלילות שקר ובאכזריות ומכנה את מחשבתם מחשבה של עבודה זרה ואת מעשיהם "חתירה תחת יסוד הקדושה כולה" ואת מעשיהם "עושים מעשה עמלק", מנסה הרצי"ה לרכך את הדברים הוא משמיט את ההאשמה החמורה "מעלילה עלילות בשקר" והופך את הביקורת הישירה שמפנה הראי"ה קוק כלפי גדולי ישראל "חותרים תחת יסוד הקדושה כולה, עושים מעשה עמלק" לביקורת עקיפה כלפי מעשה הפירוד עצמו תוך שהוא מעדן את הדברים ובמקום "עושים מעשה עמלק" כותב "כמעשה עמלק". כך גם באשר לסנגוריה כלפי הרשעים. בעוד שהראי"ה כותב כי הרשעים אינם באמת רשעים וכי עצם רשעתם היא התומכת את יסוד צדקת הצדיקים כותב הרצי"ה כי יסוד צדקת הצדיקים נתמך ע"י הרשעים (אבל לא ע"י רשעתם) ומעלים את הקביעה של הראי"ה כי באמת אינם רשעים וכותב "עם כל רשעתם..." כלומר שאכן הם רשעים אך אעפ"י כן תומכים הם את יסוד צדקת הצדיקים בגלל דבקותם בחפץ לבם לכללות האומה.