בספר דת הציונות הבאנו את התיחסותו של מי שנחשב בצבור הציוני דתי "גדול הדור" ויורשו של הראי"ה קוק-בנו הר' צבי יהודה קוק להרצל מתוך דברים שאמר לפני תלמידי מרכז הרב ונערכו ע"י אחד מתלמידיו הר' שלמה אבינר (שממנו קבלנו גם אנחנו את הדברים לראשונה) להלן מאמר שפורסם במדור "מגוון" של העיתון "יתד נאמן" בתמוז תשמ"ח כשבוע לאחר יום ציון פטירתו של הרצל המראה יחס אחר לגמרי של אביו של הרצי"ה – הראי"ה קוק באשר להרצל. תחילה נזכיר את דברי הרצי"ה כפי שמובאים ע"י הר' שלמה אבינר ב"שיחות הרב צבי יהודה": "מציאותנו וסידור חיינו, כל אלה נמשכים מהרצל. אין להתחמק מהעובדה הזאת. הוא היה נשמה נפלאה פלאי פלאים, בעלת שליחות אלקית מיוחדת. נחה עליו הרוח שצריכה לקום מדינה יהודית... כתבתי רשימה קצרה ב"הצופה" בשם: "להצדיק צדיקים" על הרצל ונורדאו. אנשים כתבו על הרצל שהיה אפיקורוס. קראתי הרבה כתבים שלו, בגרמנית או מתורגמים לעברית, לא את כולם, אבל רובם, רובם ככולם, ולא מצאתי שהיה אפיקורוס. אין אצלו הבלטה בפירוש של עניני אמונה, אבל יש כמה ביטויים של אמונה, אבל לא מצאתי אפיקורסות בכתבי הרצל. כך העובדה. פרסמתי, שהיתה לו התקרבות ליהדות. ... הרצל גם היה סופר. קראתי ספריו ולא מצאתי שום דבר להיפך מן האמונה. אדם שרושם ברשימות לעצמו ולא בצביעות כדי להראות לאחרים, ש "אין אומתנו אומה אלא באמונתה" – חס וחלילה לומר עליו שהוא אפיקורוס, פרטי מעשיו והתנהגותו אינם ידועים לי. המגלח זקנו בתער עובר בחמשה לאוים והנה הרצל שמר על זקנו ולא עבר עליהם. הוא מתאים לגזע קודש מחצבו. ... נורדאו היה נשוי עם גויה, לא כן, הרצל היה יהודי הגון. ...המנהיג הגדול לעילא ולעילא הרצל... הרצל התקרב לשם שמים דרך הלאומיות והציונות. אמנם גם לכתחילה לא היה כל כך רחוק ... מצוה לראות את רשימת הזכרונות של הרצל. איזה מרץ, איזו פעילות! מתוך פנים מהלך התפתחות התגלותה של נשמת ישראל, הולכת ומופיעה גאולת ישראל, מתחילת הופעת הגר"א, והמשך בית מדרשו של רבי עקיבא איגר, ע"י תלמידיו רבי אליהו גוטמכר מגריידיץ ורבי צבי הירש קלישר וגם הרצל הוא המשך גילוי זה בתוך סדרי הדורות של "קורא הדורות מראש "... כשמתבוננים בזכרונותיו של הרצל, מדי פעם מופיעים דברים רוחניים אמוניים, שמביעים שיבה אל היהדות.. ". ע"כ. (שיחות הרב צבי יהודה ,עמ' 35-39 , נשלח אלי ע"י הר' שלמה אבינר.)
להלן המאמר שפורסם ב"יתד נאמן" המראה כי עמדתו של "ממשיך דרכו" של הראי"ה קוק נגדה לגמרי את עמדת אביו כלפיו:
"יום השנה למותו של –"חוזה המדינה", תיאודור הרצל, שחל בשבוע שעבר, לא משך כבר תשומת-לב רבה כבעבר. מספר נציגים רשמיים הגיעו לטקס, נשאו נאומים נדושים והמשיכו לסדר-יומם, בשנים בהן מתמוטט החזון הציוני קשה לשוות כבוד והדר ליום זה, שבעבר היה יום מרכזי בתולדות הישוב החילוני.
לאחרונה צצה ועלתה שוב פרשה סוערת מנבכי ההיסטוריה, הקשורה למותו של הרצל. היה זה לפני 84 שניס, בכ' תמוז תרס"ד מת הרצל. והציבור הציוני ברחבי העולם התארגן לעצרות אזכרה והספדים המוניים ,אגב באותו יום, עשרים שנה לאחר מכן, כ' תמוז תרפ"ד, המיר הנס, בנו של הרצל את דתו והוטבל לנצרות).
גם ביפו תוכננו הספדים, והנציגים הרשמיים במקום פנו אל הראי"ה קוק בבקשה שישתתף בהספד. הרב קוק, שעלה כחודשיים קודם לכן ארצה, נעתר לבקשתם ונשא הספד. ,ההספד המלא מובא ב"סיני" מ"ז
ובמאמרי הראיה עמ' 94-99. ההספד נאמר אמנם בצורה מעורפלת, ללא הזכרת שמו של הרצל, אך עצם ההשתתפות בהספד, והרמזים שנאמרו בו לפיהם הרצל מהווה כביכול את דמות "משיח בן יוסף" - עוררו זעם רב בציבור החרדי באותה תקופה. הרצל, שהתרחק לחלוטין מן הדת, אף מן המעט שחילוניים מן השורה אוחזים בו, לא היוה -דמות אידיאלית" שרב בישראל צריך להספיד. הרצל היה האיש שהגה רעיון המרת-דת המונית לעם ישראל, שסרב לערוך ברית מילה לבנו, שחגג את החגאות הנוצריות ושלימד את ילדיו את תפילות הכנסיה (הדבריס הובאו בהרחבה במאמר "הבה נתבוללה", יתד נאמן, טבת תשמ"ו).
ביפו ובירושלים פורסמו כרזות מחאה בעקבות הספדו של הרב קוק. גם הגרצ"פ פראנק. ששהה באותה עת ביפו, מחה על כך בחריפות רבה. שנים רבות נותר הדבר בגדר תעלומה: מדוע ניאות הראי"ה קוק להספיק את הרצל? רבים מממשיכי דרכו, ובפרט בנו הרב צבי יהודה קוק, ראו בכך מעין "הכשר" על דמותו של הרצל, ואף פיארו את כותליהם בתמונותיו (אגב, מעשה שעומד בניגוד למשמעות דבריו של הרב קוק באחת מאיגרותיו). לפני כשנה וחצי, פירסם החוקר יוסי אבנרי, מאוניברסיטת כר אילן, בגליון "קתדרא". (37) מחקר על הרב קוק בתקופת שהותו ביפו, ושם גילה כי בידיו איגרת בלתי-ידועה שכתב הרב קוק ושלא פורסמה בספרי איגרותיו ובה מסביר את המניעים שהביאוהו לשאת את ההספד. המכתב לדברי החוקר, הינו "בעל נימה אפולוגטית" (התנצלותית). מר אבנרי לא פירסם את האיגרת כלשונה; זאת משוס שהיא נמסרה לו ע"י הרב צבי יהודה קוק, שהבהיר לו באופן חד-משמעי כי הוא אוסר לפרסמה ולהביא את תוכנה המלא לידיעת הציבור ומסיבות מובנות...) אך משום מה, פורסמה האיגרת לפני מספר חודשים בקובץ "גנזי ראי"ה- (שיוצא לאור ע"י תלמידים בישיבת "מרכז הרב.) באיגרת זו, שנכתבה מספר ימים לאחר האירוע (בתאריך כ"ט תמוז תרס"ד) פונה הרב קוק לחמיו, האדר"ת זצ"ל, במכתב ארוך בו מתמרמר הוא "שאחרים גילו פנים בדברי שלא ככונתי ושיערו שמשמעות דבריו היא סנגוריה חלילה לדברי רשעים", הרב קוק מנמק כי המניע העיקרי שהדריך אותו היה "למען השלום", מחשש שסירובו להשתתף בהספד יגרום "מחלוקת", וכך כותב: "אנוכי לא הייתי רשאי בשום אופן להתנהג באופן אחר, וחייביס כל יראי ה' באמת לדון אותי לכף-זכות וממילא לא יכולתי כלל לעכב מלהספיד, כי בזה היה ג"כ מחלוקת גדול ושנאה ניצחת", כדי להוכיח זאת מדגיש הרב קוק, כי "בדברי לא סיפרתי כלל בשבחו של ד"ר הרצל מצד עצמו", מכתב זה מקטין מאר את משמעות ההספד על הרצל, כפי שפירשוהו בנו וממשיכי דרכו של הראי"ה קוק. אין פלא איפוא שהרצ"י קוק אסר מלפרסמו, במסגרת המדיניות שהחדיר ב"מרכז הרב", לפיה אין לפרסם לציבור כל מאמר ואיגרת של הראי"ה, שאינה תואמת את הקו הרשמי שהיתוה הבן, (מאמר נרחב על מערכת צינזור כתבי הראי"ה קוק פורסם בשעתו ב"נקודה" וצוטט במדור זה) מדוע איפוא החליט מי שהחליט להוציא את האיגרת לפירסום ציבורי, בניגוד מוחלט להוראותיו של הרב צבי יהורה קוק? תשובה מדהימה על כך קיבלנו במספר שיחות עם אנשי "מרכז הרב", שהואילו לחשוף בפנינו טפח מן המאבק שמתחולל בישיבה בשנים האחרונות.
עם פטירתו של הרב צבי יהודה קוק, ירש הרב הראשי הרב אברהם שפירא, את הנהגת "מרכז הרב", וכמו כן את השליטה בכתביהרב קוק. הרב שפירא נודע מאז ומעולם כמי שאינו מתלהב מדרכו המיסטית של הרב קוק ותלמידיו יודעים לצטט התבטאויות מזלזלות שלו, שהביאו לחיכוכים בינו לבין הרציה קוק. כשנפלה הנהגת "מרכו הרב" בידיו נקט הרב שפירא במספר צעדים, שהביאו לדחיקת רגליהם של כל אלו שנשאו את דגל תורתו המיסטית של הרב קוק. במסגרת זו נמנעה מהרב צבי טאו, מממשיכי דרכו של הרצ"י קוק, אמירת שיעורי מחשבה רשמיים בישיבה, ופעילות זו ירדה בהדרגה למחתרת. הרב שפירא ביקש להעלות את הישיבה על פסים "למדניים. יותר והוא ראה בעיסוק המופרז בנושאי מחשבה אבן-נגף במימוש תוכניתו זו, מתנגדיו של הרב שפירא האשימוהו בהחדרת"אוירה פוליטיתו"מחלוקת" לישיבה, ונוצר מצב בו שקלו עשרות בחורים לעזוב את הישיבה לאות מחאה, צעד שנמנע דווקא ע"י הרב צבי טאו עצמו, שהבהיר להם כי הוא מוחל על כבודו למען טובת הישיבה. בשנה האחרונה גברו החיכוכים, עקב עמדת הרב שפירא ומשפחתו, המצדדים בפירסום רחב ככל האפשר של כתבי הרב קוק, כולל כתבים שנאסרו לפירסום ע"י הרצ"י קוק! הרב שפירא נימק את עמדתו בצורך להרחיב את ידיעותיו של הציבור, אך מתנגדיו בישיבה טענו, כי המניע האמיתי שמדריך אותו הרצון להפגין כי לרב קוק היו גישות שונות ומנוגדות במשך שנות רבנותו, ומשום-כך אין אפשרות להפיק דרך חד-משמעית מכתביו. (הרב שפירא צוטט כמי שאמר: "הרב קוק היה אדם גדול, אךאי-אפשר להסיק דרך אבסולוטית מדבריו. הוא היה דרשן, וכמנהג דרשנים בישראל אמר פעם כך, פעם כך...") על כל פנים, פירסום האיגרת גרם למבוכה רבה בקרב ממשיכי דרכו של הרצ"י קוק, הללו הביעו חשש, כי פירסום איגרות מעין אלו, עלול לעורר ספיקות בקרב הדור הצעיר של 'מרכז"ביחס למסקנות שניתן להפיק ממעשי הראי"ה קוק: "לעולם לא נוכל להוכיח איזה מעשה נעשה מתוך גישה כנה ואידיאולוגית ואיזה רק מפני לחצים של גופים חילוניים וחשש מהימנעות שתגרור מחלוקת".
עדות נוספת בלתי-ידועה על התלבטותו של הרב קוק בנושא עריכת אזכרה למנהיג הציוני, תיאודור הרצל, מצויה בספר זכרון שיצא לזכרו של אשר ארליך, אחר מבני העליה השניה: בן ישיבה ששנה ופירש והפך לאחד מעסקני התנועה הציונית, בעדות שמובאתבספר זה ("אשר היה", ת"א תשי"ט, עמ' 83) מספר אחד מידידיו של אשר ארליך, כמשיח לפי תומו, על מאורע שאירע ברחובות בשבת שלפני כ' תמוז במלאת שנה למותו של תיאודור הרצל. (הרב קוק נהג להתארח ברחובות לעיתים קרובות). באותה עדות מסופר, כי כשנתבקש החזן לקרוא "יזכור" על המנהיג הציוני קם ממקומו הרב קוק ואסר את הדבר משם שהמנהיג הציוני "לא הקפיד ביותר על מנהגי ישראל", כלשון המספר. אותו עד מספר, כי למרות מחאותיו של הרב קוק, קם אשר ארליך ממקומו, טפח על הדוכן שלוש פעמים ואמר "קל מלא רחמים" למורת רוחו של הרב קוק.